《小儿药证直诀》分上、中、下三卷。上卷论述脉证治法，介绍小儿脉法、变蒸、五脏所主、五脏病等八十一脉证，为全书之核心；中卷记载了所治典型病案二十三例；下卷载方一百二十余首。卷末附《阎氏小儿方论》及《董汲小儿斑疹备急方论》二书。